O Krajowym Systemie e-Faktur mówi się zwykle językiem księgowości. Dla przedsiębiorcy równie ważne są jednak skutki prawne. Od tego, kiedy faktura jest „otrzymana”, zależy początek terminu płatności. Od tego, jak zapisano umowę, zależy, czy dłużnik będzie mógł twierdzić, że faktury nie dostał. Od 1 stycznia 2027 r. dochodzą do tego obowiązek podawania numeru KSeF w przelewie i – według obowiązującej dziś ustawy – kary pieniężne za wystawianie faktur poza systemem. Niezależnie od kar administracyjnych istnieje odpowiedzialność karna skarbowa osób, które zajmują się fakturowaniem.
Zajmujemy się KSeF jako adwokaci, a nie biuro rachunkowe. Przeglądamy i aneksujemy umowy, prowadzimy spory o zapłatę i windykację należności z faktur ustrukturyzowanych, reprezentujemy przedsiębiorców w kontrolach i postępowaniach o nałożenie kary, a osoby zarządzające i księgowych – w sprawach karnych skarbowych. Kwestie czysto podatkowe, np. rozliczenie VAT z konkretnej transakcji, uzgadniamy z doradcą podatkowym klienta.
Co obowiązuje dziś, a co od 1 stycznia 2027 r.
Stan prawny na 27 października 2026 r. wynika z ustawy o podatku od towarów i usług (tekst jednolity Dz.U. 2026 poz. 1263) i ustaw ją zmieniających:
- obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych w KSeF (art. 106ga ust. 1) obejmuje podatników od 1 lutego 2026 r.; podatnicy, których sprzedaż wraz z podatkiem nie przekroczyła w 2024 r. 200 mln zł, mogli do 31 marca 2026 r. wystawiać faktury dotychczasowe (art. 145l),
- do 31 grudnia 2026 r. można jeszcze wystawiać faktury poza KSeF, jeżeli wartość sprzedaży brutto udokumentowanej takimi fakturami w danym miesiącu nie przekracza 10 000 zł (art. 145m), oraz faktury przy użyciu kas rejestrujących (art. 145n) – te wyjątki wygasają z końcem roku,
- od 1 stycznia 2027 r. czynny podatnik VAT płacący przelewem innemu czynnemu podatnikowi VAT za fakturę z KSeF musi podać numer KSeF faktury albo identyfikator zbiorczy (art. 108g),
- od 1 stycznia 2027 r. mają być stosowane kary pieniężne z art. 106ni ust. 1–3 i 5–7 ustawy o VAT.
Rządowy projekt ustawy (druk sejmowy nr 3245), który wpłynął do Sejmu 20 października 2026 r., przesuwa stosowanie tych kar na 1 stycznia 2028 r. Pierwsze czytanie odbyło się na posiedzeniu Sejmu 21 października 2026 r., a projekt skierowano do Komisji Finansów Publicznych. To wciąż projekt – dopóki ustawa nie zostanie uchwalona i ogłoszona, trzeba planować z założeniem, że kary obowiązują od 2027 r. Projekt nie zmienia ani terminów samego obowiązku KSeF, ani obowiązku podawania numeru KSeF w przelewie.
Faktura w KSeF – kiedy jest wystawiona, a kiedy otrzymana
Fakturę ustrukturyzowaną uznaje się za wystawioną w dniu jej przesłania do KSeF, a za otrzymaną przy użyciu KSeF – w dniu przydzielenia jej w systemie numeru identyfikującego, czyli numeru KSeF (art. 106na ust. 1 i 3 ustawy o VAT). Dla nabywcy, który odbiera faktury w systemie, faktura jest więc „otrzymana”, gdy system nadał jej numer – niezależnie od tego, czy ktokolwiek w jego firmie ją otworzył.
Trzeba jednak pamiętać, że to definicja na potrzeby VAT. O tym, od kiedy biegnie termin zapłaty, przesądza umowa, a w transakcjach handlowych także ustawa o przeciwdziałaniu nadmiernym opóźnieniom w transakcjach handlowych. Ta ostatnia liczy terminy od „doręczenia dłużnikowi faktury lub rachunku, potwierdzających dostawę towaru lub wykonanie usługi” – np. termin zapłaty w umowie między przedsiębiorcami nie może co do zasady przekraczać 60 dni od takiego doręczenia (art. 7 ust. 2), a gdy dłużnikiem jest duży przedsiębiorca, a wierzycielem mikro-, mały lub średni przedsiębiorca – jest to granica bezwzględna (art. 7 ust. 2a). Ustawa nie mówi wprost, że doręczenie oznacza datę nadania numeru KSeF. Dlatego najbezpieczniej jest przesądzić to w umowie.
Dokument przesłany kontrahentowi wcześniej mailem, w PDF, nie zastępuje faktury wystawionej w KSeF. Jeżeli faktura ustrukturyzowana jest używana poza systemem – np. jej wydruk lub wizualizacja trafia do kontrahenta – musi być oznaczona kodem umożliwiającym dostęp do niej w KSeF i weryfikację danych (art. 106gb ust. 5).
Jakie zapisy umów wymagają zmiany
Wiele umów handlowych nadal mówi o fakturach wysyłanych pocztą elektroniczną „na adres wskazany przez zamawiającego”. W umowach cywilnoprawnych z kontrahentami zwykle proponujemy aneks albo jednolity zapis w ogólnych warunkach współpracy, który obejmuje:
- sposób wystawienia i udostępnienia faktury – faktura ustrukturyzowana w KSeF, a dla kontrahentów spoza systemu – opisany sposób przekazania,
- początek biegu terminu płatności – zamiast „14 dni od doręczenia faktury” np. „14 dni od dnia przydzielenia fakturze numeru w KSeF”, z odrębną regułą dla faktur przekazywanych poza systemem,
- warunki dodatkowe – jeżeli zapłata ma zależeć także od protokołu odbioru, trzeba to napisać wprost i określić, co się dzieje, gdy zamawiający odmawia podpisania protokołu,
- dane w przelewie – zobowiązanie płatnika do podawania numeru KSeF lub identyfikatora zbiorczego oraz prawo wierzyciela do zaliczenia wpłaty bez takiego oznaczenia,
- awarie i niedostępność systemu – jak strony postępują, gdy faktura nie może zostać wystawiona lub pobrana w zwykłym trybie, i od kiedy liczy się wtedy termin,
- korekty i rozliczenia okresowe – rabaty roczne, bonusy, noty, korekty faktur z 2026 r. wystawionych poza KSeF.
Osobnym tematem są umowy z biurem rachunkowym i dostawcą oprogramowania. Z KSeF mogą korzystać, obok podatnika, podmioty i osoby przez niego wskazane (art. 106nb). Warto jasno określić zakres nadanych uprawnień, obowiązki biura przy wystawianiu i odbiorze faktur, terminy oraz to, kto ponosi skutki błędu – w tym ewentualnej kary pieniężnej nałożonej na podatnika.
Kontrahenci spoza KSeF, awarie i tryb offline
Nie każdy nabywca odbiera faktury w systemie. Gdy nabywcą jest np. podmiot zagraniczny bez siedziby i stałego miejsca prowadzenia działalności w Polsce, podatnik zwolniony podmiotowo z VAT, podmiot bez numeru identyfikacji podatkowej albo konsument, fakturę ustrukturyzowaną udostępnia się w sposób z nim uzgodniony (art. 106gb ust. 4), a za datę otrzymania uznaje się datę faktycznego otrzymania (art. 106na ust. 4). Faktur na rzecz konsumentów nie trzeba w ogóle wystawiać w KSeF (art. 106ga ust. 2 pkt 4), choć można. Dla tych kontrahentów dowód doręczenia trzeba zapewniać jak dotychczas – i warto to opisać w umowie lub regulaminie.
Ustawa przewiduje też sytuacje, gdy faktura powstaje poza systemem i trafia do niego później:
- tryb offline – podatnik może wystawić fakturę zgodnie ze wzorem i przesłać ją do KSeF najpóźniej w następnym dniu roboczym po dniu wystawienia (art. 106nda ust. 1 i 2),
- niedostępność systemu ogłoszona przez ministra – przesłanie najpóźniej w następnym dniu roboczym po jej zakończeniu (art. 106nh ust. 2),
- awaria systemu ogłoszona komunikatem – przesłanie w terminie 7 dni roboczych od zakończenia awarii (art. 106nf ust. 4).
Faktura trafia wtedy do nabywcy najpierw w innej formie, a numer KSeF otrzymuje później – umowa wiążąca termin płatności z numerem KSeF powinna przewidywać regułę na te sytuacje.
Numer KSeF w przelewie i zaliczanie wpłat
Od 1 stycznia 2027 r. czynny podatnik VAT płacący przelewem za faktury ustrukturyzowane innemu czynnemu podatnikowi VAT podaje numer KSeF faktury albo identyfikator zbiorczy nadany przez system (art. 108g ust. 1). Identyfikator zbiorczy KSeF przydziela dla co najmniej dwóch faktur (art. 106nd ust. 2 pkt 8a). Numer KSeF podaje się także w komunikacie przelewu w mechanizmie podzielonej płatności (art. 108a ust. 3 pkt 3). Obowiązek nie dotyczy płatności za faktury, które nie zostały jeszcze wprowadzone do systemu w związku z komunikatem o awarii (art. 108g ust. 4).
Dla wierzyciela to ułatwienie: maleje liczba sporów o to, którą fakturę dłużnik zapłacił. Gdy jednak dłużnik zapłaci bez wskazania numeru, stosuje się zasady Kodeksu cywilnego. Dłużnik może wskazać, który dług zaspokaja, a wierzyciel może najpierw zaliczyć wpłatę na związane z tym długiem zaległe należności uboczne (art. 451 § 1 k.c.). W braku oświadczeń wpłatę zalicza się na dług wymagalny, a przy kilku wymagalnych – na najdawniej wymagalny (art. 451 § 3 k.c.). Umowa może te reguły doprecyzować.
Spór o zapłatę – co KSeF dowodzi, a czego nie
W sprawach o zapłatę przez lata powtarzał się zarzut „nie dostaliśmy faktury”. W relacjach, w których obie strony korzystają z KSeF, ten argument w dużej mierze słabnie: zamiast potwierdzeń nadania listów czy logów serwera pocztowego można wskazać numer KSeF i datę jego przydzielenia. Ciężar udowodnienia faktu spoczywa na tym, kto wywodzi z niego skutki prawne (art. 6 k.c.) – a numer KSeF jest dowodem łatwym do przedstawienia i trudnym do podważenia.
KSeF nie rozstrzyga jednak wszystkiego:
- nie dowodzi wykonania świadczenia – faktura to dokument wystawiony przez wierzyciela; spór o jakość dostawy, zakres robót czy terminowość nadal rozstrzygają umowa, protokoły, korespondencja i świadkowie,
- nie zastępuje warunków umownych – jeżeli umowa uzależnia zapłatę od protokołu odbioru, sam numer KSeF nie przesądzi o wymagalności,
- nie obejmuje kontrahentów spoza systemu – tu doręczenie trzeba wykazać tradycyjnie,
- nie usuwa sporów o korekty – kwota w pozwie musi uwzględniać faktury korygujące, także te do faktur z 2026 r. wystawionych poza KSeF.
Faktura korygująca do faktury z numerem KSeF zawiera ten numer; przy korekcie faktury, której nie nadano numeru KSeF (np. wystawionej w 2026 r. poza systemem), podaje się dane faktury pierwotnej, w tym jej numer (art. 106j ust. 2 pkt 2a i 3 ustawy o VAT). Fakturę korygującą fakturę ustrukturyzowaną wystawia się także jako fakturę ustrukturyzowaną albo w trybie offline (art. 106j ust. 4).
Windykacja należności z faktur KSeF
Przy windykacji numery KSeF wpisujemy do wezwań do zapłaty i pozwów – ułatwia to sądowi i dłużnikowi identyfikację należności i odbiera pole do sporu o to, której faktury dotyczy roszczenie.
KSeF może mieć znaczenie dla trybu postępowania. W transakcjach handlowych sąd wydaje nakaz zapłaty w postępowaniu nakazowym na podstawie dołączonej do pozwu umowy, dowodu spełnienia świadczenia niepieniężnego i dowodu doręczenia dłużnikowi faktury lub rachunku (art. 485 § 2¹ Kodeksu postępowania cywilnego). Naszym zdaniem urzędowe potwierdzenie przydzielenia numeru KSeF może takim dowodem być, ale praktyka sądów dopiero się kształtuje – dlatego nadal zabezpieczamy także inne dowody doręczenia i wykonania umowy.
Do należności z faktur stosuje się dotychczasowe zasady: odsetki ustawowe za opóźnienie w transakcjach handlowych przysługują bez wezwania od dnia wymagalności (art. 7 ust. 1 ustawy o przeciwdziałaniu nadmiernym opóźnieniom), a rekompensata za koszty odzyskiwania należności wynosi równowartość 40, 70 albo 100 euro w zależności od wartości świadczenia (art. 10 ust. 1). Spór między przedsiębiorcami w zakresie ich działalności jest sprawą gospodarczą (art. 458² § 1 pkt 1 k.p.c.) – z rygorami dowodowymi opisanymi w zakładce spory sądowe.
Kary pieniężne z art. 106ni ustawy o VAT
Według obowiązującej ustawy od 1 stycznia 2027 r. naczelnik urzędu skarbowego nakłada w drodze decyzji karę pieniężną na podatnika, który wbrew obowiązkowi:
- nie wystawił faktury ustrukturyzowanej przy użyciu KSeF,
- w okresie awarii, niedostępności albo w trybie offline wystawił fakturę niezgodnie z udostępnionym wzorem,
- nie przesłał w wymaganym terminie do KSeF faktury wystawionej w trybie offline, w czasie awarii albo niedostępności.
Kara wynosi do 100% kwoty podatku wykazanego na fakturze wystawionej poza KSeF, a przy fakturze bez wykazanego podatku – do 18,7% kwoty należności ogółem (art. 106ni ust. 1). Uiszcza się ją bez wezwania w terminie 14 dni od doręczenia decyzji (art. 106ni ust. 3).
To kary „do” – organ ustala ich wysokość. W zakresie nieuregulowanym stosuje się przepisy działu IVA Kodeksu postępowania administracyjnego (art. 106ni ust. 5), a więc m.in. dyrektywy wymiaru kary (art. 189d k.p.a.) i obowiązek odstąpienia od kary, gdy waga naruszenia jest znikoma, a strona zaprzestała naruszania prawa (art. 189f § 1 pkt 1 k.p.a.). Postępowanie toczy się według działu IV Ordynacji podatkowej (art. 106ni ust. 6) – od decyzji przysługuje odwołanie do organu wyższego stopnia w terminie 14 dni od doręczenia (art. 220 i 223 Ordynacji). Nie stosuje się natomiast art. 21a Prawa przedsiębiorców, który chroni przedsiębiorców w pierwszym roku działalności (art. 106ni ust. 7). W postępowaniu o nałożenie kary przygotowujemy stanowisko, dowody okoliczności naruszenia i działań naprawczych oraz odwołanie.
Odpowiedzialność karna skarbowa i czynny żal
Obok kar administracyjnych istnieje Kodeks karny skarbowy. Odpowiada w nim osoba fizyczna – właściciel, członek zarządu, księgowa, a także każdy, kto na podstawie przepisu, umowy lub faktycznie zajmuje się sprawami gospodarczymi, w szczególności finansowymi, firmy (art. 9 § 3 k.k.s.).
Ustawa o VAT zawiera tu ważne wyłączenie: jeżeli podatnik nie dopełni samego obowiązku wystawienia faktury w KSeF albo przesłania do systemu w terminie faktury wystawionej w trybie offline, w czasie awarii lub niedostępności, nie wszczyna się postępowania o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe (art. 106ni ust. 4). Ten przepis nie został objęty terminem z 2027 r. i obowiązuje już teraz. Wyłączenie dotyczy jednak tylko „technicznego” obowiązku korzystania z systemu.
Pozostaje art. 62 k.k.s.: kto wbrew obowiązkowi nie wystawia faktury, wystawia ją w sposób wadliwy albo odmawia jej wydania, podlega karze grzywny do 180 stawek dziennych (§ 1), a kto wystawia fakturę w sposób nierzetelny albo takim dokumentem się posługuje – karze grzywny do 720 stawek dziennych albo karze pozbawienia wolności na czas nie krótszy od roku, albo obu tym karom łącznie (§ 2), z łagodniejszym zagrożeniem, gdy kwota podatku jest małej wartości (§ 2a). W wypadku mniejszej wagi czyn jest wykroczeniem skarbowym (§ 5).
Gdy błąd wykryje sam przedsiębiorca, znaczenie ma czas. Czynny żal, czyli zawiadomienie organu ścigania o popełnionym czynie z ujawnieniem jego istotnych okoliczności, pozwala uniknąć kary (art. 16 § 1 k.k.s.), ale tylko jeżeli uszczuplona należność zostanie uiszczona w terminie wyznaczonym przez organ (§ 2). Jest bezskuteczny, gdy organ miał już wyraźnie udokumentowaną wiadomość o czynie albo rozpoczął czynność zmierzającą do jego ujawnienia, np. kontrolę (§ 5). Zawiadomienie można złożyć na piśmie, ustnie do protokołu, a do finansowego organu – także przez e-Urząd Skarbowy (§ 4 i 4a). Przy błędach w deklaracjach rolę podobną odgrywa korekta deklaracji (art. 16a k.k.s.). Więcej o postępowaniu karnym skarbowym piszemy w zakładce kodeks karny skarbowy, a o obronie w sprawach karnych – w zakładce prawo karne.
Kontrola i postępowanie – jak się przygotować
Co do zasady organ zawiadamia o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej, a kontrolę wszczyna się nie wcześniej niż po 7 i nie później niż przed upływem 30 dni od doręczenia zawiadomienia (art. 282b § 1 i 2 Ordynacji podatkowej; podobnie art. 48 Prawa przedsiębiorców). Zawiadomienie zawiera pouczenie o prawie złożenia korekty deklaracji (art. 282b § 4 pkt 5 Ordynacji). Warto ten czas wykorzystać na przegląd faktur – w toku kontroli prawo do korekty deklaracji w zakresie nią objętym ulega zawieszeniu (art. 81b § 1 pkt 1 Ordynacji).
W kontroli i postępowaniu pomagamy przygotować dokumenty, uczestniczymy w czynnościach, składamy zastrzeżenia, a gdy pojawia się wątek karny skarbowy – oceniamy, czy i kiedy złożyć czynny żal. Reprezentujemy klientów także przed organami administracji w innych sprawach – zob. reprezentacja przed urzędami.
KSeF w Gdańsku i na Pomorzu
Kancelaria mieści się w Gdańsku przy al. Grunwaldzkiej 87/91 lok. 10. Doradzamy przedsiębiorcom z Gdańska, Gdyni, Sopotu i całego Pomorza, a umowy przeglądamy i aneksujemy także zdalnie. Spory o zapłatę między przedsiębiorcami z Gdańska o kwoty do 100 000 zł rozpoznaje Sąd Rejonowy Gdańsk-Północ w Gdańsku, a o wyższe kwoty – co do zasady Sąd Okręgowy w Gdańsku (art. 17 pkt 4 k.p.c.). W sprawach kar pieniężnych i kontroli reprezentujemy klientów przed naczelnikami urzędów skarbowych i Dyrektorem Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku, a skargi na decyzje ostateczne rozpoznaje Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku. Prowadzimy też sprawy przed organami i sądami w całej Polsce.
Najczęstsze pytania
Od kiedy biegnie termin płatności faktury wystawionej w KSeF?
Tak, jak stanowi umowa. Ustawa o VAT uznaje fakturę za otrzymaną w KSeF w dniu przydzielenia jej numeru, ale to definicja podatkowa. Jeżeli umowa mówi o „doręczeniu faktury” bez definicji, mogą powstać wątpliwości – dlatego radzimy wprost powiązać termin płatności z datą nadania numeru KSeF i osobno uregulować faktury przekazywane poza systemem.
Czy kontrahent może twierdzić, że nie otrzymał faktury z KSeF?
Gdy obie strony korzystają z systemu, ten zarzut jest słaby – numer KSeF i data jego przydzielenia potwierdzają otrzymanie faktury na gruncie VAT. Kontrahent może jednak kwestionować wykonanie umowy, protokół odbioru czy wysokość należności. KSeF nie dowodzi, że towar dostarczono albo usługę wykonano.
Czy kary za błędy w KSeF będą stosowane od 2027 r.?
Według obowiązującej ustawy – tak, od 1 stycznia 2027 r. Rządowy projekt (druk nr 3245) przesuwa ten termin na 1 stycznia 2028 r., ale na 27 października 2026 r. jest po pierwszym czytaniu w Sejmie i nie został uchwalony. Do czasu ogłoszenia ustawy bezpieczniej przyjąć termin z 2027 r.
Czy za wystawienie faktury poza KSeF grozi odpowiedzialność karna skarbowa?
Za samo niedopełnienie obowiązku wystawienia faktury w KSeF nie wszczyna się postępowania karnego skarbowego (art. 106ni ust. 4 ustawy o VAT). Odpowiedzialność z art. 62 k.k.s. grozi natomiast za niewystawienie faktury w ogóle, wystawienie jej w sposób wadliwy lub nierzetelny i posługiwanie się fakturą nierzetelną – niezależnie od tego, czy dokument powstał w KSeF.
Co zrobić, gdy dłużnik zapłaci bez numeru KSeF w tytule przelewu?
Wpłata jest skuteczna, a jej zaliczenie regulują umowa i art. 451 k.c. – przy braku oświadczeń wpłatę zalicza się na dług wymagalny, a przy kilku – na najdawniej wymagalny. Warto od razu poinformować dłużnika, na poczet której faktury zaliczono wpłatę.
Czy trzeba aneksować wszystkie umowy?
Nie zawsze. Zaczynamy od umów z największymi kontrahentami i od wzorców umów oraz ogólnych warunków współpracy. Często wystarcza jednolity zapis o fakturowaniu, doręczeniu i terminie płatności, wprowadzony aneksem albo zmianą ogólnych warunków.
Kto odpowiada za błędy biura rachunkowego w KSeF?
Kara pieniężna z ustawy o VAT obciąża podatnika. Odpowiedzialność karna skarbowa może dotyczyć osoby, która faktycznie zajmuje się sprawami finansowymi firmy, także pracownika biura. Rozliczenie między firmą a biurem zależy od umowy – dlatego warto w niej określić zakres uprawnień w KSeF i odpowiedzialność za błędy. Zapraszamy do kontaktu albo na poradę prawną.